تنظم برامج فروع المعهد الثلاثة محافل منتظمة متاحة للجميع وغنية بالمعاني في صورة عروض سينمائية، ومقابلات أدبية، ومقابلات مخصصة للأطفال، ومعارض، وعروض، ومؤتمرات وغير ذلك من الفعاليات المدرجة في الأجندة الفرنسية والفرانكفونية والدولية. ويمثل برنامج فيلا شامبليون محورًا أساسيًا من محاور الأنشطة الثقافية الفرنسية في مصر.
وتُكمل المكتبات الثلاث الأجهزة العصرية المتاحة للجميع على غرار قاعات العرض في القاهرة والإسكندرية ومساحات العرض والمطاعم وغيرها.
ويقدم المعهد الفرنسي في مصر العديد من سلاسل المحاضرات مثل ميدان المنيرة، وهي سلسلة مقابلات شهرية ينظمها بالتعاون مع مركز الدراسات والوثائق الاقتصادية والقانونية والاجتماعية، والمعهد العلمي الفرنسي للآثار الشرقية ومعهد الدراسات الشرقية للآباء الدومنيكان، ومصنع المدينة المستدامة، ومهرجان سرد وكتابة البحر الأبيض المتوسط، وليالي رمضان، والسينما، وذلك في إطار الصناعات الثقافية والإبداعية بالإضافة إلى الكتاب الفرنسي ومناظرات الأفكار. فهو ندرج في إطار برامج أهم المحافل الدولية: ليلة الأفكار، عيد الموسيقى، ليلة الشعر وغيرها في إطار معارض ومقابلات أدبية وعروض سينمائية ومؤتمرات وغير ذلك من الفعاليات الدورية.
ويتقدم المعهد الفرنسي في مصر ركب الفعاليات الرقمية بتوفيره عروض واقع افتراضي (٥ خوذات تتيح الوصول إلى كتالوج IF Paris و ARTE)، من خلال Culturethèque، وIFCinéma à la carte، بالإضافة إلى المتحف الرقمي الذي تتيحه آلية Micro-Folies.